Dorobek artystyczny Wyspiańskiego jest bardzo szeroki i obejmuje dzieła różnego typu: malarstwo (rysunki, szkicowniki, obrazy olejne, pastele) przedstawiajace widoki Krakowa, portrety i autoportrety, rosliny, projekty witraży i malowideł, ilustracje; grafika; projekty mebli i wnętrz; architektoniczny projekt zabudowy Wawelu; dramaty, wiersze i inne.
Pierwsze znane dzieła Wyspiańskiego to rysunki - autoportret z 1890 roku, szkice z podróży po Polsce i Europie. Pózniej rysował rosliny, tworzac zielnik. W jego twórczosci plastycznej dominowały jednak obrazy wykonywane pastelami. Pierwsze z nich tworzył w latach 1890-94, a wykorzystywał głównie do ukazywania postaci ludzkich - rodziny, przyjaciół, artystów. Malował przy pomocy płaszczyznowych plam barwnych, zamkniętych wyraznym konturem. Chętnie przedstawial swoje dzieci w nieupozowanych sytuacjach - np. spiace albo karmione przez matkę:
—Helenka, 1900, pastel, Muzeum Narodowe, Kraków
—Spiacy Stas, 1902, pastel, Muzeum Slaskie, Katowice
—Spiacy Mietek, 1904, pastel, Muzeum Sztuki, Lodz
—Macierzynstwo, 1905, pastel, Muzeum Narodowe, Krakow
—Zona artysty z synkiem Stasiem, 1904, pastel, Muzeum Gornoslaskie, Bytom
W technice tej przedstawil wielu swoich znajomych i artystow, m.in. Kazimierza Lewandowskiego, Jacka Malczewskiego, Elize Parenska, Krysztalowiczow, Ludwika Solskiego, Irene Solska, Jana Stanislawskiego. Obrazowal widoki Krakowa - Planty z chocholami (takze w technice olejnej), Wisle, Rudawe, chaty w Grebowie, a pod koniec zycia widoki z okna pracowni na Kopiec Kosciuszki. Jest autorem afisza do przedstawienia Wnętrze Maeterlincka.
Czesc jego dorobku zajmuja roznorodne projekty - glownie witrazy, polichromii i wnetrz. Wraz z Jozefem Mehofferem zaprojektowal 36 kwater witrazy do kosciola mariackiego w Krakowie w ramach pomocy Matejce przy konserwacji kosciola, w ktorej brali udzial od 1889 roku. Podczas pobytu w Paryzu obaj wykonali po dwa kartony na konkurs na projekt dekoracji sali Rudolfinum w Pradze oraz projekty kurtyny do wznoszonego wowczas teatru Slowackiego w Krakowie. Już samodzielnie zaprojektowal witraze i polichromie do krakowskiego kosciola franciszkanów (ze slynnym witrażem Boga Ojca "Stań się"), witraże do katedry wawelskiej ze sw. Stanislawem, Kazimierzem Wielkim i Henrykiem Pobożnym (zrealizowane dopiero w latach 2005-2007 w Pawilonie Wyspiański 2000), wystrój sali wystawowej Towarzystwa Przyjaciol Sztuk Pięknych (1904), dekorację klatki schodowej i sali w Domu Towarzystwa Lekarskiego oraz witrarz Apollo dla tegoż towarzystwa. W 1905 roku razem z Wladysawem Ekielskim zaprojektowa przebudowę wzgórza wawelskiego (tzw. "Akropolis").