Matka zmarła kiedy Wyspianski miał siedem lat, a ponieważ ojciec nie potrafił sprawować nad nim odpowiedniej opieki, od 1880 roku wychowywał się u bezdzietnego wujostwa Kazimierza i Joanny (Janiny) Stankiewiczów, traktowany jak ich własne dziecko. Stankiewiczowie należeli do wyższej warstwy mieszczanstwa, a ich dom uchodził za wysoce kulturalny. Bywał u nich między innymi Jan Matejko.
Wyspianski uczył się w majacym wielowiekowe tradycje gimnazjum sw. Anny w Krakowie, gdzie wykłady odbywały się w języku polskim, a duża wagę przywiazywano do nauki historii Polski i historii literatury polskiej. Przez 8 lat nauki niczym się nie wyróżnił. W okresie szkolnym podjał pierwsze znane dzis próby literackie (interpretacja dramatyczna obrazu Matejki Batory pod Pskowem w roku 1886) oraz malarskie.
W czasie pobytu w szkole nawiazał koleżenskie stosunki z Józefem Mehofferem, Lucjanem Rydlem, Stanisławem Estreicherem, Henrykiem Opienskim i Jerzym Żuławskim.
W 1887 Wyspianski zapisał się na wydział filozoficzny Uniwersytetu Jagiellonskiego - gdzie w latach 1887-1890 i 1896-1897 uczęszczał na wykłady z historii, historii sztuki i literatury - i rozpoczał studia malarskie w Szkole Sztuk Pięknych w Krakowie, której dyrektorem był w tym czasie Jan Matejko. Jako wyróżniajacemu się uczniowi, Matejko powierzył mu współudział w wykonaniu zaprojektowanej przez siebie polichromii w odnawianym kosciele Mariackim.
W roku 1890 artysta udał się w podróż zagraniczna po Europie - jej trasa wiodła przez Włochy i Szwajcarię do Francji, a dalej do Niemiec i Pragi czeskiej. W latach 1891-1894 trzykrotnie przebywał w Paryżu, uczył się w prywatnej Academie Colarrosi i wiele malował. Żył wówczas w trudnych warunkach materialnych korzystajac ze stypendium Szkoły Sztuk Pięknych. W tym czasie zetknał się z Władysławem Slewinskim, z Gauguinem i nabistami; silne wrażenie wywarło na nim malarstwo Pierre'a Puvisa de Chavannes, a zwłaszcza freski w Panteonie.
W tym czasie stale malował, jednoczesnie jednak jego uwagę coraz bardziej przyciagał teatr. Uczęszczał na spektakle operowe, ogladał przedstawienia klasyków francuskich, interesował się tragedia antyczna i dramatami Szekspira. Powstały wówczas próby własnych dramatów Wyspianskiego: Królowa Polskiej Korony i wstępne redakcje Legendy, Warszawianki, Daniela i Meleagra. Utwory artysta konczył już w Krakowie, dokad wrócił na stałe w sierpniu 1894 roku.
Pod koniec lat 90. XIX wieku artysta odegrał istotna rolę w ruchu modernistycznym. Zaprojektował i częsciowo wykonał polichromię w restaurowanym kosciele Franciszkanów złożona z motywów kwiatowych, heraldycznych i geometrycznych oraz witraże: bł. Salomei i sw. Franciszka oraz Boga Ojca zatytułowany Stan się. Zdobył Nagrodę Polskiej Akademii Umiejętnosci za pejzaże z kopcem Kosciuszki.
Jako malarz i dekorator nawiazał współpracę z Teatrem Miejskim w Krakowie pod dyrekcja Tadeusza Pawlikowskiego. Wkrótce na jego scenie rozwinał swoja twórczosć dramatyczna.
W Krakowie nawiazał współpracę z towarzystwem Sztuka, a w połowie 1898 roku objał stanowisko kierownika artystycznego tygodnika Życie, w którym redaktorem naczelnym był Stanisław Przybyszewski.
Jednak ani ogłoszenie drukiem Legendy w roku 1897, ani pierwsze dzieła malarskie nie przyniosły Wyspianskiemu większego uznania. Podobnie bez echa minęło wydanie Meleagra (1898). Dopiero wydanie Warszawianki zyskało mu szerszy rozgłos (wydanie w Życiu w roku 1898, a osobno w 1901) - dziełem tym Wyspianski zapoczatkował serię dramatów narodowych. W roku 1899 ukazały się dramaty Protesilas i Laodamia, Klatwa i Lelewel, a w roku 1900 Legion.
W roku 1900 Wyspianski poslubił chłopkę Teodorę Teofilę Pytko, majaca nieslubnego syna Teodora, przysposobionego przez artystę. Jeszcze przed slubem urodziła się ich córka Helena (1895-1971) i syn Mieczysław (1899-1920), a pózniej Stanisław (1901-1967).
W listopadzie 1900 wział udział w weselu swego przyjaciela Lucjana Rydla w Bronowicach. Na kanwie tego wydarzenia powstało słynne Wesele wydane w roku 1901, które przyniosło Wyspianskiemu sławę i uznanie.
W roku 1903 artysta wydał trzy nowe dzieła: Wyzwolenie, Achileis i Bolesław Smiały. W następnym roku ukazało się nowe opracowanie Legendy (tzw. Legenda II), Noc listopadowa oraz Akropolis. W latach następnych Wyspianski zajmował się dokonczeniem utworów dawniej rozpoczętych i praca nad nowymi. W roku 1907 ukazały się Skałka, Powrót Odysa oraz Sędziowie i przeróbka Cyda Corneille'a, posmiertnie w 1910 tłumaczenie Zairy Woltera.
W roku 1906 Wyspianski został profesorem krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych, był także członkiem krakowskiej Rady Miejskiej.
W ostatnim okresie życia schorowany i niedomagajacy fizycznie artysta leczył się w Rymanowie i Bad Hall, a potem przeniósł się do swojej chaty we wsi Węgrzce. Wyspianski chorował przez wiele lat i zmarł na nieuleczalna wówczas kiłę.
Pogrzeb Wyspianskiego w Krakowie w 1907 stał się manifestacja narodowa. Pochowany został w Krypcie Zasłużonych na Skałce.